Монастырь был основан в 1600 году Борисом Годуновым. Позже здесь открыли Славяно-греко-латинскую академию — первое в России высшее учебное заведение, где готовили кадры для государственной и церковной службы. В стенах академии учились в том числе первый крупный русский ученый-естествоиспытатель Михаил Ломоносов и создатель русского фарфора Дмитрий Виноградов. В советское время Заиконоспасский монастырь был упразднен и разбит на коммуналки, а в доме 7 разместилась первая советская телестудия, где велись опытные, еще беззвучные телепередачи. Богослужения в монастыре возобновились только в июле 1992 года.
