Коллекция музея насчитывает более 100 тысяч экспонатов, среди которых археологические предметы, монеты, графика XVIII‒XIX веков, фотографии и документы. В настоящее время для посещения открыты экспозиционные разделы «Золотая кладовая», «Природа Крыма: палеонтология, геология, рельеф», «Прошлое Тавриды», «Таврическая губерния» и «Крым в годы Великой Отечественной войны».
