Свои двери театр открыл в 1938 году — артисты исполнили оперу Джованни Паизиелло «Прекрасная мельничиха» на башкирском языке. С тех пор минуло больше 80 лет: здесь состоялась премьера первых башкирских оперы и балета — «Хакмар» Масалима Валеева и «Журавлиная песнь» в хореографии Нины Анисимовой. В Башкирской опере начинал свою карьеру и прославленный Рудольф Нуреев. Постановки театра участвуют в крупнейших театральных фестивалях и премиях, в том числе «Золотой маске».
