Католическая община в Тобольске появилась в 1830-х годах, когда в Сибирь отправились ссыльные поляки и литовцы. В 1868 году у них появился свой приход, а в 1901-м у подножия Алафеевской горы, на которой возвышается Тобольский кремль, началось строительство каменного храма Пресвятой Троицы. Неоготический костел возвели на пожертвования прихожан по проекту архитектора Войцеховского ― он успел проработать до 1923 года, а затем здание использовали как хранилище и столовую. Только в 1990-х здесь снова зазвучали молитвы.
