Экспозиция главного здания посвящена истории Свияжска с момента его основания в 1551 году как города крепости в устье реки Свияги на горе Круглой, до начала XX века. Второй корпус повествует о деятельности по изучению и сохранению памятников древнего города, трудном существовании Свияжска как острова во второй половине XX века. Об истории знаменитых свияжских тюрем, судоустройства и судопроизводства XVI—XX веков расскажет экспозиция в двухэтажном здании третьего корпуса, где в 1941—1948 годах находилась тюрьма НКВД. В четвертом корпусе находится выставочный зал для временных экспозиций.
