Для монастыря, основанного в 1364 году, периодом расцвета стал XVI век. При поддержке князя Василия III здесь был построен главный трехглавый Покровский собор и другие каменные сооружения. Сюда же князь позднее сослал свою жену Софию. По ее примеру в суздальское заточение отправили множество опальных аристократок, включая Евдокию Лопухину — супругу Петра I. В 1992 году Покровский монастырь стал первым возрожденным монастырем в Суздале.