В музее работают постоянные выставки «Россия в картинах игумена Рафаила», «Сокровища древнего Углича» и «Камни Углича». Здесь можно посмотреть на живописные и графические работы художника Сергея Симакова — игумена Рафаила, увидеть произведения церковного декоративно-прикладного искусства XV‒XIX веков, ознакомиться с письменными и иными историческими источниками.
