Первые упоминания о монастыре относятся к 1563‒1566 годам. В 1612‒1613 годах обитель была разграблена и сожжена шведами, восстановительные работы велись в 1620-х годах. В 1680-х годах монастырь полностью отстроили в камне, до наших дней сохранилось большинство зданий. С 1919 по 1991 год Зеленецкая обитель была закрыта. Реставрационные и восстановительные работы ведутся и сегодня.
