Обитель расположена на небольшом острове Череменецкого озера. Временем основания монастыря считается конец XV века, но точная дата неизвестна. В 1680 году святое место было сожжено литовскими войсками, сохранился лишь храм Иоанна Богослова. Со временем монастырские постройки и кельи отстроили заново, а в 1707 году возвели еще одну церковь, в честь Преображения Господня. В советское время обитель закрыли, монашеская жизнь вернулась сюда в 1997 году. Но к этому времени главный храм был разрушен. Восстановить его удалось лишь в 2012 году. Главной святыней монастыря считается явленная икона святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова.
