Экспозиция музея подразделяется на две основные части: внутреннюю и внешнюю. Внутренняя часть состоит из трех залов, в которых рассказывают об истории развития подводных сил России. На внешней части установлено ограждение рубки подводной лодки проекта 641 и артиллерийско-торпедное вооружение.
