Музей основан в месте, где в 1997 году был открыт уникальный археологический памятник — Канозерские петроглифы. Создание этих наскальных изображений относят к 4—2-му тысячелетиям до нашей эры. Они являются объектом культурного наследия федерального значения и одним из важнейших исторических артефактов на севере Европы. В настоящее время здесь обнаружены около 1 300 рисунков, оставленных людьми эпохи неолита.
