Старейшее учебное заведение города открыто в 20-е годы XVIII века на базе греко-латинских классов. В 1738 году специально для семинарии выстроили здание рядом с подворьем Псково-Печерского монастыря. В 1840 году возведено новое двухэтажное строение по проекту профессора Петербургской Академии художеств Феодосия Щедрина. В домовой церкви Трех Святителей в 1891 году принял постриг преподаватель семинарии Василий Белавин — будущий святейший патриарх Тихон: в память об этом в 1997 году установили мемориальную доску. В 1918 году семинарию закрыли, домовую церковь разрушили. В 1920‒1930-х годах здесь размещался Морской пограничный отряд ОГПУ. Во время войны строение уцелело и в нем находился Псковский педагогический институт. Сейчас в здании бывшей духовной семинарии размещается один из его факультетов. С 1995 года строение является памятником федерального значения.