Комплекс возник на месте первых пещерных скитов, где монахи вели подвижническую жизнь в уединении. Пожар 1676 года разрушил обитель, но ее удалось восстановить. До революции монастырский комплекс включал источник Иоанна Крестителя у подножия горы, крутую лестницу, а на вершине ― каменную церковь в честь Киево-Печерской иконы Божией Матери и святых Антония и Феодосия, Киево-Печерских чудотворцев, и храм в честь святой великомученицы Варвары. Возле входа и выхода из пещер располагались часовни, беседки и кельи для братии.
В советское время обитель закрыли и забросили. В 2007 году на месте пещер был основан новый монастырь. Сегодня он открыт для посещения. Вход благоустроен, расчищены и обложены кирпичом многие участки. В ансамбль возрожденного пещерного Сканова монастыря входит деревянная церковь в честь Печерской иконы Божией Матери, кельи монахов, оборудованный купальнями источник имени Антония и Феодосия Киево-Печерских.
