Памятник сибирского барокко построен на берегу реки Томи в конце XVIII века. С момента его открытия и до 1936 года в нем хранилась одна из трех чудотворных икон Томска, ныне утраченная. По легенде, мастер Герасим Иванов писал ее как икону Николая Чудотворца, но трижды лик сменялся образом Спаса Нерукотворного. Для него и воздвигли каменный храм с простым, но изящным декором — барочными карнизами над окнами и угловыми пилястрами. В советские годы здание пришло в упадок, внутри разместили клуб и зернохранилище. После реставрации 1990 года церковь возвращена верующим.
