Заповедник расположен более чем на 550 островах. Он омывается водами двух морей — Баренцева и Белого. Кандалакшский заповедник является одним из образовательных центров российской северной орнитологической науки, среди его обитателей преимущественно морские колониальные птицы. Природная территория в Кандалакше считается первым морским заповедником в России — около 74,2% его площади приходится на водную акваторию.
