Первый музей в Вологодской губернии был создан в 1885 году. Он посвящен императору Петру I, который несколько раз приезжал в Вологду и жил в небольшом доме на берегу реки. Это одноэтажное каменное здание со сводчатыми потолками и голландскими печами с изразцами XVII века. Экспозиция рассказывает о Петровских реформах и вкладе вологжан в их осуществление. В ней представлены различные вещи тех времен, в том числе принадлежавшие царю. Например, можно посмотреть на сохранившиеся стулья, ордена, которые учредил государь, на портрет Петра, подаренный им самим его духовнику, архиепископу Вологодскому. Есть здесь и кубок князя Меншикова, а также походные фляжки для вина — такие выдавали солдатам.