Музей-заповедник основан в 1884 году как музей Общества изучения Амурского края. Построен на общественные деньги и стал первым краеведческим музеем в Приморье. Открыт для посетителей с 1890 года. Имя русского путешественника и исследователя Дальнего Востока Владимира Арсеньева было присвоено ему в 1945 году. Гробница князя Эсыкуя, зеркало вождя племени воцзюй, барабаны из китайского театра, картины Давида Бурлюка, городские вывески начала ХХ века — все это представлено в экспозиции. В состав культурного комплекса входят три филиала во Владивостоке и пять в других городах региона. Главный корпус находится в центре, в доме Бабинцева — памятнике архитектуры начала ХХ века.