В музее более 150 000 экспонатов. В собрании есть редчайшие образцы предметов каменного, бронзового и железного веков, древние украшения и оружие, а также бронзовые изделия скифо-сибирского звериного стиля, таштыкские погребальные маски, созданные из глины и гипса в I—V веках н. э., керамическая посуда с энеолитической эпохи до Средневековья. Гордостью музея считаются коллекции наскальных рисунков, каменных изваяний, стел и так называемых «Идолов Енисея», датируемых бронзовым веком и принадлежавших культуре народа, населявшего Хакасско-Минусинскую котловину около пяти тысяч лет назад.
