Пристань при военных Шуйских заводах была построена в 1704 году. В 1793 году заработал общественный причал. В XIX веке из Петрозаводского порта начали ходить рейсовые пароходы в Санкт-Петербург. В этот же период пристань была разрушена ледоходом, но ее восстановили и модернизировали. После Великой Отечественной войны порт не утратил свое значение, судоходство на Онежском озере продолжало расширяться. С 1962 года отсюда уходят катера в музей-заповедник «Кижи». Сегодня это судна типа «Метеор» и «Комета».